Historicamente o termo protocordados englobava três grupos
de animais: Hemichordata, Urochordata e Cephalochordata. Porém a homologia da notocorda
e da estrutura semelhante presente nos hemicordados foi questionada. Assim, os
hemicordados foram retirados do filo Chordata e isolados em seu próprio filo, composto
por espécies exclusivamente marinhas, de corpo mole e cilíndrico.
Desta forma, atualmente os cordados são divididos em três
subfilos: Urochordata, Cephalochordata, e Vertebrata (= Craniata).
Os urocordados e os cefalocordados apresentam clivagem
radial do zigoto, são deuterostômios, possuem fendas faríngeas e são marinhos.